1267 folgte Peter von Savoyen, aber bereits 1269 wurde Laupen von Rudolf von Habsburg zurückerobert. 1275 verlieh er dem Ort die Handfeste nach dem Muster der Handfeste der Stadt Bern.^[2] 1310 verpfändete König Heinrich VII. seine Rechte an Laupen an die Stadt Bern, die nach 1324 einen Landvogt in Laupen stationiert. Die wachsenden Spannungen zwischen Bern und Freiburg führten 1339 zum Laupenkrieg zwischen der Stadt Bern und ihrer Burgundischen Eidgenossenschaft, und Freiburg, unterstützt von den Herren von Burgund und Habsburg, aus dem Bern als Sieger hervorging. Dabei waren in Laupen 600 Berner als Besatzung stationiert. Die Entscheidung fiel während der Schlacht auf dem Bramberg, ausgelöst durch 6000 herbeieilende Berner mit Verbündeten. Königin Agnes von Ungarn vermittelte den Frieden; Laupen blieb bei der Stadt Bern, die sich als führende Regionalmacht im Aaretal etablierte.

1356 wird eine Kapelle St. Pankraz und Katharina erwähnt, als Filiale von Neuenegg. Seit der Reformation ist Laupen ein eigenes Kirchspiel. Die heutige Kirche wurde in den Jahren 1734–1736 neu erbaut und 1947–1948 renoviert. Im Inneren befindet sich eine Renaissance­kanzel (um 1660). Glasgemälde mit Rudolf von Erlach (Ad. Kreuzer) sowie jene von Paul Zahnder (1949).